《深海迷航 2》抢先体验版包含数十种生物原型，按威胁等级排列 —— 从可扫描的无害生物，一直到泰坦级的「世界之树」。下列为已确认、已命名的代表性物种。
一个体量惊人、与主线剧情深度绑定的有机体，扎根于普罗透斯最深处 —— 全游戏最庞大的存在。
一只体型庞大、章鱼状的掠食者 —— 游戏中最大的自由游动生物，一旦发现你便立刻追击。
一种群体狩猎的利维坦，长着外凸的骨质头骨与尖锐的鳍；在开阔的虚空中极其致命。
被开发者昵称为「蛤蚌克苏鲁」—— 一种伏击型利维坦，用陷阱丝缠住猎物，再用胃酸将其溶解。
一种成群活动的利维坦，自上方蜂拥俯冲，并在水中播撒卵状团块。
中层水域的顶级肉食动物 —— 在你遇到真正的利维坦之前，所面对的最大威胁。
一种鲨形掠食者，能以高达 20 米/秒的速度射出整排铀尖獠牙 —— 一种独一无二的远程威胁。
一种永远成对的深海电掠食者，以协同电击狩猎，并在攻击前发出音调上扬的预警鸣叫。
一种由虾演化而来的生物，驾驭一枚双瓣外壳，捕食小型生物并以碎屑为食。
一种潜伏于峡谷沙中的大型伏击甲壳类，会破沙而出猎杀玩家与小型生物。
一种装甲群居乌贼，以尾部撞击，力道足以击穿钛，随后附着吸取生命值。
一种大型带电水母，其 400–1000 伏的放电对无防护潜水员是致命的。
锤头兽的大型亲缘物种，被夺舌虫寄生后会变成饥饿、极具攻击性的进食机器。
一种小型乌贼状掠食者，作为体型大得多的裂髓兽的「侦察兵」进行狩猎。
一种带甲、群居的食草动物，本无害 —— 但你踏入其族群空间，它就会冲撞。
草食生物层级的代表 —— 成群、不主动攻击、遍布浅水与礁区生态的鱼群。
一种充氢的大型「飞行」水母，在水面上方漂浮捕食 —— 对你无害，除非它被点燃。
作为单一、极其脆弱的有机体运作的连体双胞胎 —— 永远成对出生。
一种寄生甲壳类，寄生于生物口中并阻断饱腹信号，迫使宿主无休止进食。